Скорее всего инструкция для прямого совмещённого ПЭП.
От зарубки сигнал естественно будет меньше чем от торца.
Сфотографируйте пожалуйста ПЭП с рабочей стороны, хочется посмотреть как пластины расположены.
К сожалению я не работал с подобным прибором, по настройке ничего посоветовать не могу.
По полученным двум пикам сигналов могу предположить, что они появляются из-за разных типов волны получаемой от вашего ПЭП. Тут есть люди, более грамотные в теории чем я, если они подключатся к осуждению, то точнее объяснят.
)