Речь о крупном предприятии? Это наследие еще советских времен. Категории присваиваются в соответствии со штатным расписанием. Различия в должностных обязанностях смотрите соответственно в должностных инструкциях на предприятии, могут быть нюансы. Подразумевается что у инженера 1 кат более высокая квалификация чем у 2 кат, но по факту чаще всего более высокая категория, соответственно и зарплата, у того кто больше проработал в этом подразделении, и не всегда это напрямую связано с опытом работы.