Сначала неплохо бы определиться, на какой объект контроля вы будете делать СОП, чтобы под этот объект контроля подобрать соответствующий НТД. Объектов контроля много, НТД для них ещё больше.
Площадь искусственного отражателя берётся из НТД. Скорее всего в НТД уже даны размеры уже самой зарубки, например 2.0х3.0мм. Если там дана площадь (плоскодонного отражателя), то с помощью ГОСТ 14782-86 её можно пересчитать в площадь зарубки. Тип искусственного дефекта вам надо брать из НТД - это либо в тексте написано, либо смотреть таблицу с нормами. Если в таблице стоят размеры зарубки, то делать надо зарубку. Если площадь плоскодонного отражателя, то сверлить. Иногда бывают указаны оба отражателя (РД РОСЭК-001-96, например).
Зарубку можно сделать как специальным приспособлением с зубилом, так и электроэрозионным способом, если позволяет оборудование. Важно чтобы вертикальная плоскость зарубки образовывала с поверхностью СОПа угол 90 градусов.
Зарубки делать надо на основном металле, не на шве, миллиметрах в 25-30 от края СОПа. Опять же, разные НТД предписывают разное расположение зарубок, но в целом не критично их местоположение - главное чтобы их размеры соответствовали требованиям нормативных документов.
Насчёт закрывания отражателя. Это не обязательно, открытый отражатель лучше искать при настройке, его просто можно найти визуально (или на ощупь). Чтобы внутри отражатель не ржавел, достаточно подержать там масло машинное, а потом излишки вытереть ветошью.