как можно проверить перпендикулярность фрезеровки фл
анца относительно балки
А так-то перед сборкой надо было проверить перпендикулярность торца балки поверочным угольником, а потом приваривать фланец.
РИшат, фишка в том, что после сварки фланец прилично деформируется. Потом его могут править и фрезеровать. Ясен пень, перпендикулярность сборки должна контролироваться, но этого не достаточно. Поверочный угольник вы правильно упомянули, но одного не достаточно. Один базируется на балке. Поскольку измерение необходимо выполнить в двух плоскостях, один раз базироваться по сенке балки, другой - по полке. Длина угольника должна быть достаточной, чтобы обеспечить нужную точность. К фрезерованной плоскости прикладывается поверочная линейка. Второй поверочный угольник прикладывается к первому, на него укладывается измерительная линейка и измеряется расстояние между угольником и поверочной линейкой в двух точках - одна - вблизи фланца, другая- на максимальном вылете поверочной линейки. разность измерений на известной базе между точками и есть неперпендикулярность. Можно лазерный построитель плоскостей и поверочную линейку использовать. Но горизонтальность балки понадобится выверять. И опять в двух плоскостях... Может, проще установить колонну и выверить вертикальность. Тем же построителем плоскостей или теодолитом. Все равно будет негоризонтальность площадки
вопрос не просто не в тему, а не к тем специалистам. это к монтажникам нужно обращаться. их работа! 
